1915 yılında Büyükada’dayız. Dönemine göre fazlasıyla özgür ve eğitimli olan Leman adında genç bir kız, savaş karşıtlığı duygularını bir kadın dergisine yazarak etrafını etkileyeceğine safça inanmakta. Doktor Yako Levi’nin kızı olan komşusu ve en yakın arkadaşı Elsa aniden yakalandığı illetle mücadele ederken hayallerinin hiç birini gerçekleşmemiş olduğu için kahrolmakta… Karşıki evde yaşayan Yunanlı Despina’nın savaşa ve Osmanlı Devletini sarsan siyasi olaylara bakışı çok farklı ise de bu Leman ile Elsa’ya bağlılığını etkilemez. Çanakkale’de yaralanmış Prusyalı bir subay adanın en yüksek tepesinde bir zamanlar bir Ermeni’ye ait mekruh bir evde nekahet dönemini geçirirken, Leman’a tanıyıp ona âşık olur. Bu aşk da kendisini savaşın gerekliliği ve amacı üzerine sorgulamaya teşvik eder. Leman’ın ağabeyi genç hekim Ziya Çanakkale’de savaşmaktan çok hayat kurtarmak, yaraları sarmak, tedavi edip iyileştirmek için bulunmaktadır. Esrarengiz ebe Pakize ise gelecekteki olayları öngörse de onlara engel olamaz.

Aşk, dostluk, savaş karşıtlığı, annelik ve yıllarca ödenen bir bedel üzerine bir roman olan Alman Subayın Evi’nin kurgusu bu beş kişi etrafında örülmüştür.